नेपालमा सङ्घीय प्रणाली कार्यान्वयनमा सहयोग गर्ने संस्थागत संरचना निम्नअनुसार छन् :

क. संवैधानिक इजलास

– तीन तहका सरकारबीच अधिकार क्षेत्रको विवाद, निर्वाचन विवादको सुरु कारबाही र किनारा गर्न सर्वोच्च अदालतमा एक संवैधानिक इजलास रहने र यसमा प्रधानन्यायाधीश र न्याय परिषद्को सिफारिसमा प्रधानन्यायाधीशले तोकेका अन्य चार जना न्यायाधीश रहने व्यवस्था नेपालको संविधानको धारा १३७ मा छ ।

ख. अन्तरप्रदेश परिषद्

– तीन तहका सरकारबीच उत्पन्न राजनीतिक विवाद समाधान गर्न प्रधानमन्त्रीको अध्यक्षतामा अन्तरप्रदेश परिषद्को व्यवस्था नेपालको संविधानको धारा २३४ ले गरेको छ ।

ग. राष्ट्रिय समन्वय परिषद्

– सङ्घ, प्रदेश र स्थानीय तहबीच समन्वय तथा अन्तरसम्बन्ध व्यवस्थित गर्न प्रधानमन्त्रीको अध्यक्षतामा राष्ट्रिय समन्वय परिषद् गठन हुने व्यवस्था सङ्घ, प्रदेश र स्थानीय तह (समन्वय तथा अन्तरसम्बन्ध) ऐन, २०७७ को दफा १६ मा गरिएको छ ।

घ. प्रदेश समन्वय परिषद्

– प्रदेश र स्थानीय तहबीच समन्वय तथा अन्तरसम्बन्ध व्यवस्थित गर्न प्रत्येक प्रदेशमा मुख्यमन्त्रीको अध्यक्षतामा प्रदेश समन्वय परिषद् गठन हुने व्यवस्था सङ्घ, प्रदेश र स्थानीय तह (समन्वय तथा अन्तरसम्बन्ध) ऐन, २०७७ को दफा २४ ले गरेको छ ।

ङ. अन्तरसरकारी वित्त परिषद्

– सङ्घ, प्रदेश र स्थानीय तहबीच अन्तरसरकारी वित्त व्यवस्थापनका विषयमा आवश्यक परामर्श तथा समन्वय गर्न नेपाल सरकारको अर्थमन्त्रीको संयोजकत्वमा अन्तरसरकारी वित्त परिषद्को गठन हुने व्यवस्था अन्तरसरकारी वित्त व्यवस्थापन ऐन, २०७४ को दफा ३३ ले गरेको छ ।

च. राष्ट्रिय प्रकृतिक स्रोत तथा वित्त आयोग

– सङ्घ, प्रदेश र स्थानीय तहबीच राजस्व बाँडफाँट, अनुदान वितरण, आन्तरिक ऋणको सीमा, प्राकृतिक स्रोतको बाँडफाँट, राजस्व असुलीमा सुधारलगायतका विषयमा विस्तृत आधार तथा ढाँचा निर्धारण गर्न र सिफारिस गर्न नेपालको संविधानको धारा २५१ र २५२ मा यस आयोगको व्यवस्था गरिएको छ ।